O Conselho Estratégico - CONEST, criado pela Deliberação Congregação FEAGRI-88/2004 como órgão consultivo da administração superior da Faculdade, tem como competências principais:

• a condução do planejamento e a gestão estratégica da Faculdade, em colaboração com os órgãos de apoio acadêmico;
• a análise da proposta orçamentária da Faculdade;
• a análise e encaminhamento das demandas administrativas das Seções e dos Conselhos Integrados;
• a emissão de parecer sobre assuntos administrativos a serem submetidos à Congregação;
• o acompanhamento da execução do orçamento e propor transposições ou suplementações

Embora o CONEST não tenha poder de deliberação, a Diretoria implementa sua decisões mediante a emissão de Portarias Internas.