A partir da solicitação dos órgãos superiores da Universidade, foi constituída em 2012, uma comissão para proceder à revisão da Certificação da FEAGRI, aprovada pela Congregação. Essa comissão buscou atualizar o organograma aprovado pela CAD em 2003, respeitando a estrutura aprovada no Regimento Interno em 2004 e as necessidades atuais da Faculdade. Neste avaliação foram feitas algumas alterações na estrutura do organograma. A Seção de Informática teve a exclusão da célula de Desenho Técnico e a inclusão da célula de Desenvolvimento de Sistemas e WebSites. O Laboratório de Acústo-Elástica passou a ser denominado Laboratório de Ensaios Não Destrutivos, que visa o suporte as pesquisas desenvolvidas na área, caracterização e classificação de materiais e de inspeção de estruturas, métodos não destrutivos. O Laboratório de Projetos de Máquinas Agrícolas acoplou mais uma célula, a de Agricultura de Precisão, passando a ser denominado Laboratório de Projetos de Máquinas e Agricultura de Precisão. Foi formalizado o Laboratório de Ergonomia, que tem suas pesquisas vinculadas ao Grupo de Pesquisa em Ergonomia, Trabalho e Agricultura – GETA, certificado pelo CNPq e em atividade na Unicamp desde 2003. Foi criada a área de eventos, ligada à diretoria, como uma célula, atendendo a toda demanda de eventos que a faculdade necessitar. Nesta última revisão a faculdade foi certificada com 87 servidores, porém nesta época o quadro de pessoal contava com apenas 66 servidores ativos.
Na revisão de 2018 foi solicitado pelos órgãos superiores da Universidade, que as Unidades fizessem nova reestruturação de seus planos de certificação, baseando a organização da estrutura funcional por processos de trabalho. Porém, diante do cenário do quadro de pessoal com drástica redução dos funcionários ativos e considerando as adequações que já foram feitas nesta faculdade ao longo desses anos, concluímos que a reestruturação por processos não seria viável tendo em vista a falta de servidores administrativos, e nos laboratórios a especificidade é grande, precisando que os técnicos fizessem especializações para exercer as várias atividades, pois não estão habilitados para esta proposta de junção por processos de trabalho.